研究人員在細胞培養時出現存活率不佳，常見原因可歸納為：培養基使用錯誤或培養基品質不佳。血清使用錯誤或血清的品質不佳。運輸過程對細胞有嚴重影響。解凍過程錯誤。冷凍細胞解凍后，加以洗滌細胞和離心。懸浮細胞誤認為死細胞。培養溫度使用錯誤。細胞置于–80°C太久。

一些懸浮細胞抱團生長是正常現象，大部分懸浮細胞在細胞密度很高的情況下，很可能會出現部分細胞抱團生長的現象，聚團細胞很容易死亡并演化成絮狀物，殃及周圍的懸浮細胞，因此在培養懸浮細胞時需控制好細胞密度。如果出現了細胞團，可以通過細胞篩去掉部分較大的細胞團，也可以嘗試一下方法：將細胞懸液收集到15 ml離心管中，靜置20 min左右，小心取上層細胞上清培養（該方法只能去除部分較大的細胞團）。

部分細胞本身存在一定的空泡（如HepG2，Ishikawa及一些耐藥株等），這個是正常現象。如果只有少數細胞有內出現極少空泡，則很可能是細胞狀態不佳，可以通過調整血清濃度，控制消化，控制傳代比例及時間等方法來調整細胞狀態；如果大部分細胞出現空泡，且單個細胞內空泡數目偏多，則可能細胞代次較高，細胞老化所致，需更換代次較早的細胞。